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水稻赤霉素3β羟化酶基因(OsGA3ox1)同源基因的生物信息学分析

《分子植物育种》2019年 第4期 | 殷小林 张超 王有成 袁定阳 谭炎宁 段美娟   湖南大学研究生院隆平分院 长沙410125 湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室 长沙410125 湖南农业大学农学院 长沙410128 湖南农业大学生物科学技术学院 长沙410128
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摘 要:赤霉素3β-双氧化酶(GA3ox)是赤霉素(GA)生物合成过程中的关键酶,它通过催化活性GA的形成来影响植物生长发育。为了了解水稻GA3ox家族成员的基本情况,本研究利用生物信息学方法对其家族成员进行了预测、蛋白结构及其聚类分析。结果表明:第一,以OsGA3ox1 (LOC_Os05g08540)作为靶序列,利用BlastP在gramene数据库中共查询到了24个同源基因,同源性为80%~90%;第二,经NCBI在线分析发现,各同源基因的蛋白产物都含有2OG-FeII_Oxy和DIOX_N两个保守结构域,其结构域中都具有与Fe2+结合的2个组氨酸残基(H)和1个天冬氨酸残基(D)以及能结合α-酮戊二酸的1个精氨酸残基(R)和1个丝氨酸残基(S),并且还观察到这些蛋白间具有相同或相似的α-螺旋和β-转角等二级结构,因此,推测它们同属于GA3ox家族;第三,进一步地,利用MEGA7.0构建了该家族的系统进化树,并将该家族分成ClassⅠ和ClassⅡ两个亚族,各亚族分别包括了16个和8个成员。本研究结果为深入研究水稻OsGA3ox基因的生物学功能提供参考依据。
【分 类】【农业科学】 > 农作物 > 禾谷类作物 >
【关键词】 水稻 赤霉素(GA) 赤霉素3β羟化酶基因(OsGA3ox1) 生物信息学分析
【出 处】 《分子植物育种》2019年 第4期 1054-1060页 共7页
【收 录】 中文科技期刊数据库