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谷子Dof转录因子家族分析及功能预测

《分子植物育种》2019年 第4期 | 孟文静 张家琦 赵康路 马岚 刘立美 王艺璇 孙长凯 王振怡   华北理工大学生命科学学院 唐山063210 华北理工大学 基因组学与计算生物学研究中心 唐山063210
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摘 要:Dof转录因子是植物所特有的转录因子,在植物生长发育和基因表达调控过程中具有重要的作用,本研究利用一系列生物信息学方法对谷子全基因组Dof基因的保守结构域、系统进化关系、保守motif、基因结构、表达模式和蛋白互作进行了分析。结果表明:谷子中共有35个Dof类型基因,通过Clustal X进行分析后,可以看出这35个基因都含有一个明显的锌指结构。通过MEGA6.0对谷子、高粱、水稻和玉米进行系统进化树的分析表明该家族基因在植物中具有高度同源性。而通过MEME进一步进行分析后,分析结果与聚类分析具有一致性。利用基因结构显示系统GSDS对Dof转录因子家族进行分析,了解其基因结构,进一步验证了之前的分析结果。结合生物芯片数据,在Cluster和Treeview软件中根据在不同组织的表达结果进行Heatmap图示,结果显示部分Dof基因在根、茎、叶和花序组织呈现高表达,推测这些Dof基因可能参与这些特定组织的发育。通过STRING对Dof蛋白互作进行分析,发现大部分Dof蛋白基因的进化速度较快,且与谷子中其他蛋白没有互作关系,只有少数Dof蛋白与谷子中其他蛋白在功能上相关联。本研究为Dof转录因子基因功能进一步的研究提供了经验和基础。
【分 类】【农业科学】 > 农作物 > 禾谷类作物 > 粟(谷子、小米)
【关键词】 谷子 DOF 转录因子 锌指结构 生物信息学
【出 处】 《分子植物育种》2019年 第4期 1080-1089页 共10页
【收 录】 中文科技期刊数据库