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结直肠癌组织中差异表达cirRNA的筛选及功能分析

《山东医药》2019年 第8期 | 李建祺 张晶 甄亚男 魏飞力 欧阳雅博 肖瑞雪 徐忠法   济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院 济南250022 山东省医学科学院附属医院 首都医科大学附属北京佑安医院北京市肝病研究所
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摘 要:目的筛选结直肠癌组织中差异表达的环状RNA(circRNA),并分析其在结直肠癌发生发展中的作用。方法收集9例原发性结直肠癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织标本,根据TNM分期分为A(T 1~3 N 0M 0)、B(T 4a~b N 0M 0)、C(T 4a~b N 1~2 M 0)组。用Affymetrix Clariom D芯片检测、筛选各组差异表达的circRNA并进行聚类分析和表达趋势分析,通过构建共表达调控网络筛选重点差异表达circRNA及其对应的mRNA。利用GO数据库和KEGG数据库分别进行基因功能注释分析和信号通路富集分析,最终筛选功能最显著的基因及其对应circRNA。结果A组癌组织与癌旁组织比较,circRNA表达降低者有165个、升高239个;B组分别为284个、276个;C组分别为190个、220个。随着结直肠癌病情进展,差异表达circRNA的表达水平呈逐渐下降趋势。选择既符合主流表达变化趋势同时更具有统计学意义的circRNA群与共表达调控网络基因属性评分前10位的circRNA进行交集处理,筛选出8个与结直肠癌进展密切相关的circRNA即hsa_circ_0000007、hsa_circ_0001111、hsa_circ_0006977、hsa_circ_0079656、hsa_circ_0023608、hsa_circ_0024508、hsa_circ_0026694、hsa_circ_0029903。预测8个circRNA相应的mRNA,GO分析及KEGG分析结果显示,被富集的大部分基因及hsa03010通路主要参与核糖体RNA的加工与代谢、RNA的剪切与加工处理等细胞基础功能,其中hsa_circ_0079656相关的HINFP基因主要参与细胞周期中G 1/S期转录过程调控。结论hsa_circ_0079656在结直肠癌组织中低表达,且随结直肠癌进展表达逐步降低;其可能通过作用于HINFP基因调控细胞周期中G 1/S期的转录过程,进而影响结直肠癌的进展。
【分 类】【医药、卫生】 > 肿瘤学 > 消化系肿瘤 > 肠肿瘤
【关键词】 结直肠癌 环状RNA hsa_circ_0079656 HINFP基因 细胞周期
【出 处】 《山东医药》2019年 第8期 13-16页 共4页
【收 录】 中文科技期刊数据库