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Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析

《山东医药》2019年 第24期 | 王猛 陈莉 靳旺杰 孙朋辉 王莎莎   南方医科大学南方医院 广州510515 中山大学中山眼科中心/眼科学国家重点实验室
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摘 要:目的 分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒(简称脊灰病毒)基因密码子使用偏好性。方法 从NCBI基因数据库(GenBank)检索并筛选出40条Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,计算其相对同义密码子使用度(RSCU)值、有效密码子数(ENc)值。将Ⅰ型脊灰病毒基因中碱基C和G位于第三位的密码子占所有密码子的百分比[(C+G)3%]与ENc值进行关联性分析,绘制散点图,并与(C+G)3%标准曲线进行比较。采用主成分分析法对Ⅰ型脊灰病毒基因密码子的RSCU值进行分析,并利用分析获得的主因子绘制散点图,观察不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性。结果 Ⅰ型脊灰病毒基因密码子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密码子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5。Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值为53.633。40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于(C+G)3%标准曲线以下。2009年之前分离出来的毒株均位于图的下方,2009年之后分离于不同国家或地区的毒株分别聚集于图的一处。结论 Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA、UCA、GUG等密码子的使用上偏好性较强,在GCG、CGA、CGG、CGC、UCG、ACG等密码子的使用上偏好性较弱。Ⅰ型脊灰病毒在密码子使用偏好性上处于较弱水平。自然选择在Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性上起主要作用,不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用模式差异较大。
【分 类】【医药、卫生】 > 基础医学 > 医学微生物学(病原细菌学、病原微生物学) > 人体病毒学(致病病毒) > 呼吸道传染性病毒 > 流行性感冒
【关键词】 脊髓灰质炎病毒 密码子 密码子使用偏好性 自然选择
【出 处】 《山东医药》2019年 第24期 13-17页 共5页
【收 录】 中文科技期刊数据库