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五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1domain基因特征分析

《病毒学报》2019年 第2期 | 何佩 崔爱利 徐瑾 高立冬 余鹏博 孙凯旋 许文波 许晓光   大连医科大学 大连116044 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所) 世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室 北京102206 河南省疾病预防控制中心 郑州450016 湖南省疾病预防控制中心 长沙410005 陕西省疾病预防控制中心 西安710054
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摘 要:为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63棘突蛋白(Spike glycoprotein,S)基因的S1 domain区域进行基因扩增和序列测定,同时结合GenBank数据库下载的1983~2018年其他国家74条HCoV-NL63代表株序列和2007~2010年中国流行的12条HCoV-NL63代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对S蛋白的S1 domain区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球HCoV-NL63流行株可划分为A和B两个基因型;A基因型可进一步划分为A0,A1,A2和A3四个基因亚型,其中本研究将GenBank中2008年中国流行的2株HCoV-NL63毒株划分为新基因亚型(A3);B基因型可进一步划分为B0,B1和B2三个基因亚型。A和B基因型的HCoV-NL63代表株序列在地域分布上无明显差异,但A基因型不同基因亚型的HCoV-NL63序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A和B基因型HCoV-NL63均已被检测到,但主要以A基因型流行为主,且主要集中在A1和A2基因亚型。不同基因型HCoV-NL63序列在S1 domain区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株HCoV-NL63基因型鉴定及S1 domain基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的HCoV-NL63基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的HCoV-NL63基因数据库,为我国HCoV-NL63分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。
【分 类】【医药、卫生】 > 基础医学 > 医学微生物学(病原细菌学、病原微生物学) > 人体病毒学(致病病毒) > 呼吸道传染性病毒
【关键词】 人冠状病毒NL63(HCoV-NL63) 基因型 基因特征 分子流行病学
【出 处】 《病毒学报》2019年 第2期 202-210页 共9页
【收 录】 中文科技期刊数据库

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