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阳春砂叶绿体全基因组解析及系统发育研究

《西北植物学报》2020年 第6期 | 马孟莉 孟衡玲 张薇 雷恩 卢丙越   云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室 云南蒙自661100 红河学院生命科学与技术学院 云南蒙自661100
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摘 要:以姜科(Zingiberaceae)豆蔻属(Amomum Roxb.)阳春砂(Amomum villosum)为试材,利用Illumina Hiseq 4000测序平台对阳春砂叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,以揭示阳春砂与其他姜科植物的进化关系及其在系统发育中的地位,为豆蔻属植物的物种鉴定提供理论依据。结果表明:(1)阳春砂叶绿体基因组全长164069 bp,GC含量为36.1%,包括1对29959 bp的反向重复区(IR)、一个大单拷贝区(LSC;88798 bp)和一个小单拷贝区(SSC;15353 bp);共注释得到133个基因,包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和87个蛋白编码基因。(2)在阳春砂基因组中共检测到157个SSR位点,大部分SSR均由A和T组成;豆蔻属物种在基因组大小、IR边界区高度保守,核酸变异主要发生在LSC和SSC区。(3)最大似然法(Maximum Likelihood,ML)聚类分析显示,阳春砂与同属的爪哇白豆蔻(Amomum compactum)和白豆蔻(Amomum kravanh)亲缘关系最近,并且与山姜属(Alpinia Roxb.)也有较近的亲缘关系。
【分 类】【生物科学】 > 遗传学 > 遗传学分支学科 > 生态遗传学 > 遗传性多态现象
【关键词】 姜科 阳春砂 叶绿体基因组 系统发育
【出 处】 《西北植物学报》2020年 第6期 978-986页 共9页
【收 录】 中文科技期刊数据库