超级杂交稻乙烯反应元件结合蛋白cDNA的生物信息学分析与克隆

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摘　　要:

目的：从超级杂交稻中克隆乙烯反应元件结合蛋白（EREBP）的cDNA。方法：利用模式植物拟南芥中编码乙烯反应元件结合蛋白的cDNA，对现有的水稻基因组数据库进行搜索，获得一条高同源的未知序列。对这条未知序列的核酸序列蛋白质序列及其结构、性质、功能等进行生物信息学分析后，以超级杂交稻为材料，用未知序列设计一对简并引物，用RTPCR技术扩增后进行T-A克隆。结果：生物信息学分析结果表明，这个未知序列应为水稻中编码EREBP的cDNA；克隆后经测序获得一条915bp的cDNA，BLAST表明这条cDNA序列与未知序列的部分核酸序列的同源性达到了99％；提NCBI的GenBank后被接受，登录号为EF507537。结论：以生物信息学分析为基础，结合RT-PCR和T-A克隆技术，成功地从超级杂交稻中克隆了EREBP cDNA。