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可可全基因组SSR标记的开发及分析

《山东农业大学学报:自然科学版》2013年 第3期 | 曹恒春 王毅 黄莉莎 王玉军 于元杰 杨龙   山东农业大学植物保护学院烟草系 泰安271018 山东农业大学农学院 泰安271018
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摘 要:SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在可可基因组的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学的方法,对可可全基因组进行了扫描,共得到10,4653个SSR区段。对这些sSR区段进行分析,发现含有碱基数目不同的重复单元之间具有较大的差异:含有七核苷酸的重复单元最多,为70,414个,占所有重复单元总数的67.3%;其次为二核苷酸重复单元,为23,272个,占总数的22.2%。在各类SSR单元中,不同核苷酸重复单元出现的频率有明显的差异,其中富含A/T重复单元的SSR单元数目最多,占总数的67%;而C/C重复单元的SSR单元数目较少,约占总数的0.02%。利用SSR单元的位点信息,设计出了65,861对引物,并在可可基因组中进行了电子PER扩增验证,结果显示100%的引物均能扩增出产物条带。在可可基因组中大规模开发的SSR标记,将为可可的进化、分类和遗传多样性研究提供参考。
【分 类】【生物科学】 > 分子生物学 > 基因工程(遗传工程) > 基因的表达
【关键词】 可可 基因组 SSR标记
【出 处】 《山东农业大学学报:自然科学版》2013年 第3期 340-344页 共5页
【收 录】 中文科技期刊数据库