拟南芥基因组中新的microRNA预测及分析
金伟波[1,2] 孔栋[2] 应晓敏[1] 郭蔼光[2] 李伍举[1]
[1]军事医学科学院基础医学研究所计算生物学中心,北京100850 [2]西北农林科技大学生命科学学院,西安712100
摘 要:
MicroRNA（miRNA）是一类存在于动植物体内、长度为21～25nt的内源性小RNA，对生物体的转录后基因调控起着关键作用，但一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现。为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA，首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征，从全基因组范围中筛选出453条可能的miRNA前体；其次，为了进一步对上述miRNA前体进行筛选，利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM，该模型对人测试集的敏感性和特异性分别为86.3％和98．1％（30个人miRNA前体和1000个阴性miRNA前体），对拟南芥测试集的正确率为93．6％（78个miRNA前体）；最后，利用GenomicSVM预测上述453条miRNA前体序列，得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体，为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导。 (共8页)
学科分类:
Q74[生物科学 > 分子生物学 > 生物小分子的结构和功能]
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