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大规模板栗疫病菌cDNA文库的特征和冗余序列的排除

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吴晓松[1] 商巾杰[1] 范云燕[1] 蒋莹[1] 姚姿婷[1] 陈辉[1] 陈保善[1,2,3]

[1]广西大学生命科学与技术学院 [2]广西亚热带生物资源保护利用重点实验室 [3]微生物及植物遗传工程教育部重点实验室,广西南宁530005

《广西农业生物科学》

2005年第24卷第4期

摘　　要:

低毒病毒/板栗疫病菌是一个研究病毒宿主相互作用的优良的实验系统.为了更好的了解病毒与宿主相互作用的机制,我们建立了一个野生型无病毒板栗疫病菌菌株EP155和受低毒病毒感染的菌株EP713的cDNA混和文库,以进行表达序列标签（EST）测定.对543个克隆的外源片段的分析表明,该文库克隆中含外源片段的比例为89.8%;通过小规模测序,发现空质粒与小片段克隆占测序总数的10.1%;表达丰度最高的4个克隆出现次数的总和占测序总数的9.6%.通过设计引物进行PCR和原位杂交,对cDNA文库2万多个克隆进行了筛选,共筛除了占总数19.7%的空质粒与小克隆和5.5%的高丰度克隆,为高效率的大规模EST测序准备了条件. (共8页)