摘要: 蛋白激酶(protein kinase)是细胞信号转导通路的关键因子,其异常调控在一些恶性肿瘤、炎症、自身免疫性疾病、神经退行性疾病以及心血管疾病的发病机制中起着重要作用,已成为21世纪最重要的药物靶点之一。然而由于激酶具有高度保守的结构,针对特定激酶靶标研发特异性小分子抑制剂是一项极具挑战的任务。本人在攻读博士期间,针对RIPK1、TRK和TNIK三种激酶开展了特异性小分子抑制剂的发现、生物活性和作用机制研究,具体内容介绍如下: 第一部分:RIPK1特异性小分子抑制剂的发现、抗炎活性和作用机制研究 RIPK1(受体相互作用蛋白激酶1)是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,参与多种与细胞存活有关的信号通路的调控,是细胞程序性坏死(necroptosis)的关键调节因子。RIPK1介导的细胞程序性坏死在炎症、缺血再灌注损伤、神经系统疾病和癌症等疾病的发病和进展中发挥着重要作用,故而被认为是治疗程序性坏死相关疾病的一个有潜力的靶点。虽然目前已有RIPK1抑制剂报道,其中部分抑制剂对RIPK1具有较高抑制效果,但大都存在核心骨架类似、特异性不高、药代动力学性质不理想等问题,严重影响了后期的药物开发。因此,研发新型高活性、特异性并具有良好成药性的RIPK1小分子抑制剂对程序性坏死相关疾病的治疗具有重要意义。 在本研究中,我们首先构建了基于深度学习的分子生成模型,并将其用于靶向RIPK1的虚拟筛选库的分子生成;进一步,通过多层次虚拟筛选与化学合成,得到了具有全新骨架的靶向RIPK1的苗头化合物,并通过激酶活性、细胞活性和细胞毒性筛选,得到了靶向RIPK1的先导化合物5-(2-异丁酰氨基-[1,2,4]三唑并[1,5-a]吡啶-7-基)-1-甲基-N-(1-苯乙基)-1H-吲哚-3-甲酰胺(RI-962)。RI-962对RIPK1激酶的抑制活性IC50值为35.0 n M,同时显示了极高的激酶选择性。细胞水平上,RI-962可以剂量依赖地保护HT29、L929、J774A.1和U937细胞免受程序性坏死,EC50分别为10.0 n M、4.2 n M、11.4 n M和17.8 n M。我们进一步对其作用机制进行了探索,CRISPR/Cas9和Western Blot实验表明,RI-962通过抑制RIPK1的激酶活性来阻断程序性坏死通路信号传导,从而保护细胞免于程序性坏死。体内实验结果表明RI-962对TNFα诱导的小鼠全身炎症反应综合征(SIRS)模型和葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的炎症性肠病(IBD)模型均有保护作用,显示出了良好的抗炎效果。但RI-962的活性还有进一步提升的空间,另外,该化合物的药代动力学性质还不理想,例如口服生物利用度还较低(F=8.8%)。 为进一步提升RI-962的活性,我们解析了RI-962与人RIPK1激酶结构域的复合物晶体结构,并基于此对RI-962进行改构优化,得到了一系列靶向RIPK1的RI-962衍生物,并从中挑选出活性较高和口服生物利用度较好(F=35.0%)的候选药物(S)-N-(7-(3-(2-(4-氟苯基)吡咯-1-羰基)-1-甲基-1H-吲哚-5-基)-[1,2,4]三唑并[1,5-a]吡啶-2-基)环丙甲酰胺(1326)进行深入研究。1326具有良好的RIPK1激酶抑制活性和细胞抗程序性坏死活性(RIPK1,IC50=33.0 n M;HT29,EC50=20.6 p M)。激酶选择性研究表明,化合物1326具有较好的RIPK1选择性,除对MLK1-4有轻微脱靶效应外,对其他测试的402种激酶没有显著的抑制活性。SIRS模型和胶原诱导的关节炎(CIA)模型结果显示,1326体内抗炎症效果显著,能剂量依赖性缓解小鼠全身炎症或局部炎症的发展进程,改善模型小鼠的器官损伤症状。此外,初步成药性评价显示,1326具有较高的口服药物暴露量和生物利用度,同时具有良好的安全性,药物安全窗口大。综上所述,化合物1326是一个新型高效高特异性且具有良好成药性的RIPK1抑制剂,具有进一步开发成为临床候选药物的潜力和价值。 第二部分:TRK特异性小分子抑制剂的发现、抗肿瘤活性和作用机制研究 TRK(原肌球蛋白受体激酶)属于受体酪氨酸激酶家族,由TRKA、TRKB和TRKC三个成员组成,并分别由神经营养受体酪氨酸激酶(NTRK)1、2和3基因编码。TRK的失调与多种癌症的发生发展密切相关,因此TRK被认为是多种癌症的有吸引力的治疗靶点。NTRK融合引起的TRK受体激活被认为是最常见的致癌因素,由于TRK蛋白经跨膜融合后,经常会缺乏细胞外结构域,所以基于单克隆抗体的靶向治疗难以见效。因此,使用TRK激酶小分子抑制剂是治疗具有NTRK融合基因的癌症主要方法。目前已有两种第一代TRK抑制剂(larotrectinib和entrectinib)被批准上市,但患者用药一段时间后会产生获得性耐药,这严重限制它们在临床上的应用。目前已有多家公司布局开发第二代TRK抑制剂来克服一代抑制剂治疗产生的获得性耐药,但结构相对单一,大多为大环类化合物。另外据报道,进入临床研究的第二代抑制剂LOXO-195和TPX-0005也产生了耐药。因此,发现具有新骨架、高活性、高选择性和可克服多重耐药的新一代TRK抑制剂是一项重要且有价值的工作。 在本研究中,我们建立了Ba F3-TEL-TRKA和Ba F3-TEL-TRKCG623R(TRKCG623R是第一代TRK抑制剂临床使用中主要的获得性耐药突变之一)两种细胞筛选模型,筛选了我们内部的激酶抑制剂化合物库(约200种化合物),发现一个苗头化合物1-(4-氯-3-(三氟甲基)苯基)-3-(4-((6,6-二甲基-7-羰基-7,8-二氢-6H-嘧啶并[5,4-b][1,4]噁嗪-4-基)-氨基)苯基)脲(Cpd-1),该化合物对这两种细胞均有抑制活性,IC50值分别为1.126μM和1.352μM。激酶测试结果显示Cpd-1能够有效抑制TRKA/B/C,IC50值分别为0.211μM、0.381μM和0.516μM。接下来我们通过分子对接和化学合成对Cpd-1进行了结构优化和构效关系(SAR)研究,以提高对野生型TRK及其耐药突变体的抑制活性。最终得到了一系列Cpd-1衍生物,其中活性最高的是1-(3-(叔-丁基)-1-(4-氯苯基)-1H-吡唑-5-基)-3-(4-((6,6-二甲基-7-羰基-7,8-二氢-6H-嘧啶并[5,4-b][1,4]噁嗪-4-基)氨基)-3-甲苯基)脲(11g),我们进一步对该化合物进行了体内外的抗肿瘤活性研究。 化合物11g对TRKA/B/C以及各种耐药突变体表现出高抑制活性并显示出良好的激酶选择性。在细胞中11g表现出优异的体外抗肿瘤活性。机制研究表明11g可以抑制TRK及其下游信号分子ERK、AKT和PLCγ1的磷酸化,同时可剂量依赖的将细胞阻断于G0-G1期,并诱导细胞发生凋亡。在体内研究中,化合物11g在Ba F3-TEL-TRKA和Ba F3-TEL-TRKCG623R同种异体移植小鼠模型中表现出良好的抗肿瘤活性,并可降低肿瘤组织中p-TRK、p-ERK和p-AKT的水平,且没有表现出明显的毒性。总之,化合物11g是一个新型可克服耐药的靶向TRK的先导化合物,值得进一步研究。 第三部分:TNIK特异性小分子抑制剂的发现、抗结直肠癌活性和作用机制研究 TNIK(Traf2和Nck相互作用激酶)是一种丝氨酸/苏氨酸激酶,是Wnt/β-catenin通路中的下游信号蛋白,也是TCF4和β-连环蛋白转录复合物的重要调节成分,与多种癌症的发生发展密切相关,故而被认为是治疗Wnt通路相关癌症(如结直肠癌)的一个有潜力的靶点。到目前为止,虽然已有多个TNIK抑制剂报道,但大多存在特异性不高、药代性质差、抗肿瘤效果不理想等问题,严重影响了后期的药物开发。因此,研发新型高活性、特异性并具有良好抗肿瘤效果的TNIK小分子抑制剂对结直肠癌的治疗具有重要意义。 本研究中,我们基于计算机辅助药物设计,利用TNIK的晶体结构(PDB:5AX9)设计对接模型对本课题组的内部化学库(包含大约30000种化合物)进行了虚拟筛选,并经化学合成获得了30种化合物,随后在10μM的固定浓度下进行TNIK激酶抑制活性测定,发现了苗头化合物2-甲氧基-N-(3-甲氧苯基)-4-(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基)苯甲酰胺(1)。化合物1对TNIK表现出中等活性,IC50值为1.337μM。我们进一步通过分子对接和化学合成对其进行改构优化,最终获得高活性的TNIK小分子抑制剂苯并氧氮杂?酮类衍生物(21k),并对其进行了深入的生物活性和作用机制研究。 21k在体外激酶抑制活性测试中,对TNIK激酶的IC50值为0.026μM,且显示出良好的激酶选择性,并在结直肠癌细胞系HCT116和DLD-1及其他测试细胞系的增殖活性测定中显示出较好的细胞选择性。化合物21k还以浓度依赖的方式抑制结直肠癌细胞系HCT116和DLD-1的克隆形成与迁移。此外,化合物21k在HCT116异种移植小鼠模型中显示出较好的抗肿瘤效果,且在小鼠上展示出良好的药代动力学特性。总之,我们发现了一个具有新骨架、高选择性和良好药代动力学特性的TNIK抑制剂21k,为结肠癌的靶向治疗提供有效的先导化合物。 综上所述,本人在攻读博士期间开展了靶向RIPK1、TRK及TNIK三种激酶的特异性小分子抑制剂的发现、生物活性及作用机制研究,主要取得了以下成果:(1)获得了一个新型高效高特异性且具有良好成药性的RIPK1抑制剂1326,该化合物在体内外显示出了优秀的抗程序性坏死活性,并在动物模型上具有显著的抗炎效果;(2)获得了一个新型高活性的可克服耐药的TRK抑制剂11g,体内外均具有较好的抗肿瘤活性;(3)获得了一个具有新骨架、高选择性和良好药代动力学特性的TNIK抑制剂21k,体内外均具有较好的抗结直肠癌活性。总之,本研究为靶向RIPK1、TRK及TNIK的抗炎、抗肿瘤的创新药物研发奠定了良好基础。 摘要译文