摘要: 互叶白千层(Melaleuca alternifolia)是桃金娘科的多年生木本植物,原产澳大利亚南纬23.5°以北沿海,中国广泛栽培地区包括云南、广西、广东和福建等省。其根茎叶等器官含有多种挥发性化合物,这些化合物具备抗氧化、抗炎、抗癌等多种药用特性。但目前尚未系统分析互叶白千层精油及其产品的抑菌作用,特别是对白色念珠菌的抑制效果,挥发性活性物质的信息也不够完善;互叶白千层基因组尚未达到染色体级别,且没有完善的代谢组和转录组信息,不利挖掘挥发性活性物质合成关键基因。本论文分析了互叶白千层精油及其产品的抑菌作用和挥发性活性物质;为了更好挖掘互叶白千层挥发性活性物质合成关键的基因,利用高通量、长读长测序和Hi-C辅助技术,组装获得互叶白千层高质量基因组;分析了互叶白千层根茎叶全转录组,通过代谢组和转录组联合分析,挖掘出挥发性活性物质关键合成基因,并对其中4个TPS(Terpene synthase)基因的功能开展研究。研究结果可为互叶白千层优良品种的分子标记筛选提供科学基础。论文的主要研究结果如下: 1.互叶白千层精油及其产品的抑菌作用分析 互叶白千层精油GC-MS检测结果表明5个株系互叶白千层精油质量标志性物质松油烯-4-醇含量均超过30%,其中株系BH最高,达38.44%。精油浓度为3%时,对白色念珠菌的抑菌率达到99.9%。互叶白千层精油产品对冠状病毒的杀灭率高达99.97%。互叶白千层精油抑菌膏、精油妇科用品抑菌凝胶、精油洗衣液、精油抑菌含漱液和精油免洗手消毒液产品均对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌等细菌有很高的杀灭率;对真菌白色念珠菌杀灭效果也非常好。综合肉眼观察、显微镜检和CCK法检测结果,确定1.7 mg/m L浓度为互叶白千层精油在48小时内对白色念珠菌的最低抑菌浓度(MIC),确定6.8 mg/m L精油浓度为互叶白千层精油在48小时内对白色念珠菌的最低杀真菌浓度(MFC)。 2.互叶白千层根茎叶挥发性化合物分析 互叶白千层根茎叶挥发性化合物中最重要的成分是松油烯-4-醇(Terpinen-4-ol),占总成分的30-48%,γ-松油烯(Gamma-terpinene)为10-28%,α-松油烯(Alpha-terpinene)为10-28%,1,8-桉叶素(1,8-cineole)≤15%,香茅醇(Terpinolene)≤4%。通过挥发性靶向代谢组共检测出互叶白千层挥发性代谢产物241种,鉴定到82种萜类化合物,二萜3种,倍半萜53种,单萜26种。包括了互叶白千层的标志性和重要特色物质,如松油烯-4-醇、L-α-松油醇和γ-杜松烯等。比较了根、茎和叶之间的差异挥发性代谢物,结果表明,叶与根差异代谢物有200个,叶与茎差异代谢物有174个,根与茎差异代谢物有174个。茎与根相比差异萜类代谢物筛选结果表明,茎与根差异显著排名前20名的差异代谢物是单萜、倍半萜和二萜化合物,其中特别是松油烯-4-醇和L-α-松油醇是互叶白千层特征性组分。叶与根相比差异萜类代谢物中,上调的前20名中倍半萜物质有8个,下调的前10名中单萜物质有9个。 3.互叶白千层基因组测序、拼接和注释与基因组进化分析 基于Pacbio CCS测序和Hi-C辅助组装策略,组装好的互叶白千层基因组大小为332.53 Mb,GC含量为58.44%,组装的scaffold数量为524条,长度均大于2 kb。并且Scaffold的N50长度为1.27 Mb。预测的基因模型数为35,912个,转录本平均长度为1,764 bp,平均基因长度为3,094 bp。经过Hi-C挂载,染色体组装的N50长度为31.72 Mb,完成了染色体水平的基因组组装。BUSCO分析结果表明,99.0%的保守基因在组装的基因组中完整,说明此次互叶白千层基因组的组装结果好。互叶白千层基因组预测36类转录因子,共1481个。互叶白千层与C.citriodora,E.grandis,R.argenea和P.granatum为姐妹种,并聚为桃金娘目内,来源共同祖先。系统发育树分析表明,桉树科的E.grandis和桉树科C.citriodora的物种分化时间约为39.76(38.01-52.10)Mya,晚于互叶白千层的60.50 Mya。互叶白千层收缩基因家族有7,805个,扩张的基因家族有2,315个。对Ks分布的分析表明,互叶白千层近期未发生WGD事件。互叶白千层基因组中涉及特有基因家族的总数为325个,特有基因的总数为2,236个。基因组中共有102个基因家族,302个基因发生了正向选择(Ka/Ks>1,P<0.05)。 4.互叶白千层全转录组分析和活性物质合成关键基因挖掘 互叶白千层根茎叶RNA预测和鉴定结果表明,mRNA为38,490个,lnc RNA为3,379个,mi RNA为371个;circ RNA为361个。其中mRNA差异表达10,783个,lnc RNA差异表达895个,mi RNA差异表达234个和circ RNA差异表达41个。在circ RNA-mi RNA-mRNA网络中,circ RNAs(chr4:2667916|2677732和chr7:9877034|9925767)可以作为stu-mi R156 g-5p、mdm-mi R156i和novel_mi R_213的海绵,调控Mab HLH155(BQC-011725)的表达。MSTRG.1121.1和MSTRG.1121.2发挥了核心作用,预测其通过与多个mi RNA连接来调节Ma MAN2(BQC-032951)的表达,mi RNA中参与互叶白千层代谢途径有stumi R156 g-5p、gma-mi R156v和novel_mi R_150。通过代谢组和转录组联合分析,在MEP途径中,挖掘鉴定到12个关键基因家族。从MVA通路中,挖掘鉴定到7个关键基因家族。鉴定到的16个TPS基因中有11个与单萜类和倍半萜类具有较高的相关性。我们选择了8个候选基因(Ma TPS2,Ma TPS4,Ma QHS1,Mab HLH155,MSTRG.1121.2;mdm-mi R156i;gma-mi R156v;novide_mi R213)进行Q-PCR分析,结果表明与RNA-Seq数据具有良好的一致性。 5.互叶白千层TPS基因表达及其功能分析 通过hummerseach命令提取出61个初筛TPS基因家族成员,以tbtools提取TPS蛋白序列,用CDD和HMMSCAN功能对TPS序列进行检验,得到60个TPS基因家族成员。挑选在互叶白千层转录组研究中表达差异显著4个TPS基因家族成员,开展了原核表达研究,获得了4个BQCTPS蛋白。为了探明4个BQC重组蛋白催化底物的能力,加入底物、重组蛋白、正己烷,反应后进行GC-MS分析。结果显示重组蛋白BQC2与FPP的反应生成α-柏木烯((-)-ALPHA-CEDRENE);重组蛋白BQC3与FPP的反应体系生成柏木脑(Cedrol)。 综上所述,本论文分析了互叶白千层精油及其产品的抑菌作用和挥发性活性物质,确定了互叶白千层精油对白色念珠菌的最低抑菌浓度(MIC)和最低杀真菌浓度(MFC),为互叶白千层精油抗白色念珠菌的产品开发提供科学依据。基于Pacbio CCS测序和Hi-C辅助组装策略,首次完成了互叶白千层染色体水平的基因组组装,为互叶白千层分子生物学研究提供科学基础。分析了互叶白千层根茎叶全转录组,通过代谢组和转录组联合分析,挖掘出一批互叶白千层精油合成途径中关键候选基因,并对其中4个TPS(Terpene synthase)基因的功能开展研究。研究结果可为互叶白千层优良品种的分子标记筛选提供科学基础。 摘要译文