摘要: 目的:2020年女性乳腺癌(Breast cancer,BC)已经超过肺癌,成为全球癌症发病的主要原因之一,也是导致女性癌症死亡的主要原因。其中三阴性乳腺癌(Triplenegative breast cancer,TNBC),约占总体乳腺癌的15-20%,由于其不表达雌激素受体(Estrogen receptor,ER),孕激素受体(Progesterone receptor,PR)和人类表皮生长因子受体2(Human epidermal growth factor receptor 2,HER-2)等特点,缺乏有效的治疗手段。目前,化疗仍是其主要的治疗手段,但获益有限。与其他亚型相比,TNBC具有更高的侵袭性,高转移性,高复发率和预后较差等特点。随着对TNBC在基因方面的分析取得重大进展,通过深入研究影响TNBC预后相关的生物标志物,对提高治疗的精准度具有重要的临床意义。为对影响TNBC预后的机制进行深入研究,从数据筛选出的对TNBC预后相关性最高的两方面入手。首先,从肿瘤独特的能量代谢方式出发,这种代谢表型的特点是优先依赖糖酵解(葡萄糖转化为丙酮酸然后产生乳酸的过程)以不依赖氧气的方式。也被称之为“Warburg效应”。相较于线粒体氧化磷酸化,肿瘤细胞中的糖酵解有几个关键性的优势,首先,糖酵解产生ATP的速率快,足以支撑肿瘤细胞的增长;其次,乳酸释放到细胞外空间中,也为正常的细胞提供酸性和敌对的微环境,进一步给肿瘤细胞的增长提供优势环境;另外,糖酵解中间体的累积也是肿瘤在生长和增殖过程中为了增加其重量而不可或缺的一部分。也有研究证明肿瘤细胞进行糖酵解的速率也和其对化疗的抗性存在的一定的联系。因此,糖酵解与肿瘤恶性表型及患者预后之间的相互作用关系十分明确,从糖酵解的角度出发,找到影响TNBC预后的生物标志物是具有一定价值的。另一方面,对TNBC预后影响较为重要的是免疫功能。从免疫的角度出发,目前,TNBC是最有可能从免疫治疗中获益的一种亚型。随着对细胞免疫学和肿瘤-宿主免疫相互作用的了解的增加产生了新的免疫治疗方法,包括阻断免疫检查点,诱导细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T lymphocyte,CTL)激活,过继性细胞转移(Adoptive cell transfer,ACT)-基础疗法和肿瘤微环境的调节(Tumor microenvironment,TME)以促进CTL活动等。然而,对于不同亚型的TNBC,免疫治疗的效果并不相同,找到能在免疫治疗中明显获益的患者,提高免疫治疗的精确度或者在一定程度上提高免疫治疗疗效,改善患者预后,具有非常重要的临床价值。研究方法:1、生物信息学分析:(1)从基因表达汇编数据库(Gene expression omnibus,GEO)获取三阴乳腺癌的转录组数据和相应的临床数据;通过癌与癌旁基因对比筛选在肿瘤中的差异表达基因,进行富集分析,筛选显著影响TNBC预后的相关性因素;(2)人类代谢组学数据库(Human metabolome database,HMBD)中获取糖酵解相关基因集;从免疫学数据库(The Immunology Database and Analysis Portal,Imm Port)获取免疫相关基因集;从GEO官网中下载TNBC数据集(GSE58812)后进行差异分析后取交集,获得TNBC中癌与癌旁差异表达的糖酵解相关基因和在TNBC中差异表达的免疫相关基因;(3)基于上述筛选得到的差异表达的糖酵解相关基因和免疫相关基因中,以P<0.05为标准,应用单因素Cox回归分析得到具有预后意义的糖酵解相关基因和免疫相关基因。为防止避免拟合,利用最小绝对收缩选择算子(Least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析进一步筛选预后相关糖酵解相关基因和免疫相关基因;(4)应用多因素Cox回归分析以计算风险评分,将患者分为高、低风险组绘制Kaplan-Meier生存曲线,并利用癌症基因组图谱数据集(The Cancer Genome Atlas,TCGA)进行验证;(5)GEPIA2在线网站验证EFNA3在癌与癌旁的表达高低;(6)利用CIBERSORT”R”包分析不同cluster间免疫细胞浸润差异;2、体外细胞实验:(1)利用q RT-PCR验证关键分子处理前后在三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-468中的变化;(2)利用Western blotting验证关键分子处理前后在三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-468中的变化;(3)利用Transwell实验在体外检测敲减和过表达EFNA3对TNBC迁移能力的影响;(4)利用MTS实验在体外检测敲减和过表达EFNA3后对TNBC增殖能力的影响;(5)利用乳酸测定和葡萄糖消耗试剂盒检测处理前后细胞培养液上清中的乳酸和葡萄糖水平的变化;(6)利用MTS实验检测在过表达EFNA3的基础上,敲减PFKFB3后对TNBC细胞的增殖能力的影响;(7)利用核浆分离试剂盒检测PFKFB3在核内和浆内蛋白水平的表达变化;(8)利用Western blotting检测在过表达EFNA3后,分别加入放线菌酮(Cycloheximide,CHX),氯喹(Chloroquine,CQ)和MG132后,PFKFB3在蛋白水平的表达变化;(9)利用免疫共沉淀(Immunoprecipitation,IP)证实PFKFB3相连的K48位点的泛素化(Ubiquitin)水平的变化和EFNA3对ALK酪氨酸磷酸化的修饰的调控;(10)利用免疫组化检测小鼠乳垫成瘤的肿瘤标本中EFNA3以及PFKFB3的表达;(11)用质谱分析证明EFNA3与间变性淋巴瘤激酶(Anaplastic lymphoma kinase,ALK)的结合并采用Hdock软件进行蛋白质-蛋白质间的分子对接进行验证;利用IP检测并证实EFNA3与ALK相结合;(12)利用Western blotting实验检测EFNA3对ALK下游通路的影响,以及在加入蛋白激酶B(Protein kinase B,AKT)抑制后,EFNA3对PFKFB3的调控的变化;(13)利用MTS实验在体外检测敲减和过表达HSPA6后对TNBC细胞增殖能力的影响以及与正常人外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cells,PBMC)在联合抗程序性死亡受体1(Programmed cell death protein 1,PD-1)的基础上进行共培养后对肿瘤细胞的杀伤作用;(14)检测过表达HSPA6的全基因在m RNA水平上的变化,进一步对差异进行通路与功能富集,并与在线数据集筛选出的差异基因的富集分析取交集,筛选出主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)II类分子HLADR类分子和促进丝裂原活化蛋白激酶通路(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)通路;(15)利用Western blotting和流式检测过表达HSPA6后对MHCII类分子HLADR和c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)磷酸化修饰的影响;(16)通过在线数据库(Cistrome Data Browser),推测p-CJUN作为转录因子促进HLA-DR表达的得分。3、体内模型构建:(1)建立裸鼠乳垫成瘤模型,体内实验验证敲减EFNA3对TNBC增殖能力的影响;(2)利用敲除Prkdc和IL2RG基因的高度免疫缺陷模型NYG小鼠皮下注射对照组和HSPA6过表达组的TNBC细胞,建立人源肿瘤细胞系异种移植(cell derived xenograft,CDX)模型后,通过尾静脉注射正常人外周血的PBMC建立人源化的免疫微环境,比较是否联合抗细胞程序性死亡-配体1(Programmed cell death 1 ligand 1,PD-L1)治疗更有疗效。结果:1、糖酵解和免疫功能显著影响TNBC预后,通过在线数据集筛选TNBC癌与癌旁差异基因,进行功能富集后,结果显示糖酵解和免疫作为影响TNBC预后的关键性因素。2、糖酵解相关基因EFNA3可作为TNBC患者独立预后因素,通过在线数据筛选出TNBC差异基因并与糖酵解数据集取交集,进行单因素和多因素COX回归分析,证明差异基因可作为TNBC患者的独立预后因素,进一步通过在线数据验证EFNA3在TNBC组织中的表达均高于癌旁组织;3、免疫相关基因HSPA6可作为TNBC患者独立预后因素,通过上述筛选方式将TNBC差异表达基因与免疫数据集取交集,进行单因素和多因素COX回归分析,证明HSPA6可作为TNBC独立预后因素且与免疫具有一定的相关性。4、EFNA3高表达能促进TNBC的迁移、增殖和有氧糖酵解:在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞系中敲减EFAN3时,TNBC细胞的迁移、增殖能力减弱;而在MDA-MB-231和MDA-MB-468中过表达EFNA3时,则能上调TNBC细胞的迁移和增殖能力;且过表达EFNA3后,促进TNBC细胞的乳酸生成和葡萄糖消耗;5、体内实验验证EFNA3促进三阴性乳腺癌的增殖。通过小鼠乳垫成瘤实验验证,过表达EFNA3后,促进了体内TNBC细胞的增殖;6、EFNA3通过促进糖酵解关键酶PFKFB3的表达促进TNBC细胞的增殖和有氧糖酵解。过表达和敲减EFNA3后,糖酵解中的关键酶PFKFB3的蛋白表达水平与EFNA3存在同向的变化;且在过表达EFNA3的基础上,敲减PFKFB3后,MDA-MB-231的增殖能力较前减弱;EFNA3也是通过促进PFKFB3蛋白水平的变化,进一步影响了肿瘤细胞的有氧糖酵解;7、EFNA3促进PFKFB3核内的表达,促进增殖。过表达EFNA3后,核浆分离后检测PFKFB3核内,浆内的蛋白均有升高;构建PFKFB3入核过表达质粒后,MDA-MB-231细胞系中,细胞周期相关蛋白CDK的蛋白水平有所升高;8、EFNA3抑制PFKFB3蛋白酶体途径的降解。过表达或敲减EFNA3后,PFKFB3的m RNA水平没有变化,首先考虑可能对降解途径的影响,在过表达EFNA3的基础上,分别加入蛋白合成抑制剂CHX、自噬抑制剂CQ、蛋白酶体抑制剂MG132,并检测PFKFB3的蛋白水平的变化,只有加入MG132后,PFKFB3蛋白水平较前上升,且与PFKFB3相连的泛素位点K48有所减少;9、EFNA3与ALK结合。通过质谱分析,在线分子对接以及免疫共沉淀实验进一步验证了EFNA3与ALK的结合;10、EFNA3促进ALK下游AKT的磷酸化进而促进PFKFB3的表达。敲减EFNA3后,在MDA-MB-231细胞中,检测ALK下游通路的变化,结果显示磷酸化的AKT变化较为明显;在过表达EFNA3的基础上,加入AKT抑制剂后,PFKFB3的蛋白水平无明显变化。11、HSPA6在TNBC中高表达,但并不影响增殖。过表达和敲减HSPA6,在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞系中,细胞增殖能力均无明显变化;12、HSPA6促进PD-1单抗联合PBMC杀伤作用。过表达HSPA6后,将MDA-MB-23和MDA-MB-468细胞与激活后的PBMC在加减PD-1的条件下进行共培养,结果显示HSPA6促进了PD-1联合PBMC的杀伤作用;13、HSPA6促进MHC II类分子HLA-DR的表达。过表达HSPA6后,在MDA-MB-231细胞系中进行全转录组测序,检测出HSPA6促进MHC II类分子中的HLA-DR在蛋白水平的表达;14、HSPA6通过促进MAPK通路中JNK的磷酸化促进HLA-DR的表达。基于上述全转录组测序,进行通路富集,筛选相关通路MAPK通路并通过在线数据分析进行验证;过表达和敲减HSPA6后,在MDA-MB-231细胞系中检测MAPK通路相关蛋白的变化, 摘要译文